Meslek Yüksekokulumuz, Yükseköğretim Kurulu Yürütme Kurulunun 2 Nisan 1990 tarihli kararı ile Selçuk Üniversitesine bağlı olarak ve 1990-1991 eğitim - öğretim yılında Teknik Programlar Bölümü bünyesinde Harita Kadastro Programına 40 öğrenci alınması ile kurulmuş, 1992 yılında 3837 sayılı yasa ile Mersin Üniversitesine bağlanmıştır.

Yüksekokulumuzdaki mevcut Bölüm/Program Muhasebe ve Vergi Bölümü bünyesinde Muhasebe ve Vergi Uygulamaları Programı, Ormancılık Bölümü bünyesinde Ormancılık ve Orman Ürünleri Programı, Bitkisel ve Hayvansal Üretim Bölümü bünyesinde Fidan Yetiştiriciliği Programı olmak üzere toplam üç program ile eğitim-öğretimini kendi hizmet binasında sürdürmektedir. Yüksekokulumuzun ismi 2013 yılında Mersin Üniversitesi Mustafa Baysan Meslek Yüksekokulu olarak değiştirilmiştir.