Mersin Üniversitesi Denizcilik Fakültesi 07/10/2012 tarihli ve 28434 sayılı Resmi Gazete’de yayınlanan Bakanlar Kurulu Kararı ile kurulmuştur. Fakülte kurulum amacı Mersin kenti ve Mersin Üniversitesinin konum ve olanaklarını kullanarak bölgesinde denizcilik eğitimi alanında bir çekim merkezi olmak ve denizciliği yaşam biçimi haline getirmiş, yabancı dil bilen, nitelikli ve tam donanımlı zabitan sınıfı denizci ile denizcilik işletmelerine uzman personel yetiştirmektir.

Fakültenin yapılandırılması çerçevesinde Dekan Vekilinin Yükseköğretim Kurulu tarafından atanmasına müteakip ”Fakülte Kurulu” ve “Yönetim Kurulu” oluşturulmuştur. Mersin Üniversitesi Rektörlüğü’nün, Denizcilik Fakültesi bünyesinde bölümler açılması konusundaki teklifi 20.11.2013 tarihli Yükseköğretim Yürütme Kurulu toplantısında incelenmiş ve 2547 sayılı Kanun’un 2880 sayılı Kanun’la değişik 7/d-2 maddesi uyarınca aşağıda belirtilen bölümlerin açılması uygun görülmüştür:

-  Gemi Makineleri İşletme Mühendisliği Bölümü,

-  Deniz Ulaştırma İşletme Mühendisliği Bölümü,

-  Denizcilik İşletmeleri Yönetimi Bölümü,

-  Temel Bilimler Bölümü,

Fakültemiz Denizcilik İşletmeleri Yönetimi Bölümü yeterli akademik personel sayısını tamamlayarak 2016-2017 Eğitim-Öğretim yılında öğrenci alımına başlamış olup Deniz Ulaştırma İşletme Mühendisliği Bölümü ise 2025-2026 Eğitim-Öğretim yılı itibariyle öğrenci alımına başlamıştır. Gemi Makineleri İşletme Mühendisliği Bölümü eğitim-öğretim faaliyetlerine başlayabilmek için Yükseköğretim Kurulu ile Ulaştırma ve Altyapı Bakanlığı “Gemiadamları Eğitim ve Sınav Yönergesinin” ilgili düzenlemeleri ve hükümleri çerçevesinde altyapı ve akademik kadro yapılandırması tamamlanarak kısa ve orta vadede öğrenci alınması planlanmaktadır. Temel Bilimler Bölümü’ne lisans öğrencisi alınması düşünülmemektedir.

Fakültemiz Mersin Üniversitesi Çiftlikköy Yerleşkesinde yer alan ve 2024-2025 Eğitim-Öğretim yılı itibariyle inşaat süreci tamamlanarak faaliyete alınan yeni ve modern binasında Eğitim-Öğretim faaliyetlerini sürdürmektedir.