Arkeoloji Anabilim Dalı 2006 yılından itibaren Doktora eğitimi vermektedir. Dört Profesör, bir Doçent ve bir Dr. Öğretim Üyesi'nden oluşan öğretim kadrosu, Klasik Arkeoloji konusunda uzmanlığa sahiptir ve bu konuda uzmanlaşmak isteyen öğrenciler için uygun şartlara sahiptir. Anabilim Dalı Doktora programı kapsamında, her öğrenciye bağımsız araştırma yapma, bilimsel olayları geniş ve derin bir bakış açısı ile irdeleyerek, yorum yapma ve yeni sentezlere ulaşmak için gerekli adımları belirleme yeteneği kazandırmak amaçlanmaktadır. Doktora çalışması sonunda hazırlanacak tezde ise;

bilime yenilik getirme,

yeni bir bilimsel yöntem geliştirme ya da bilinen bir yöntemi yeni bir alana uygulama,

niteliklerinden birini yerine getirmesi beklenmektedir.

Programı başarıyla tamamlayan mezunlara Arkeoloji alanında doktora diploması verilir.